Программа магистратуры носит комплексный междисциплинарный характер и направлена на получение магистрантами углубленных знаний в области археологии, и применяемых в ее предметной области, методов естественных наук, которые позволяют получить существенную, а порой наиболее важную или вообще единственную информацию об археологических объектах.